Dieci anni sono trascorsi da quando Red, divenuto il migliore allenatore di Kanto e di Johto, si è ritirato in solitudine a Monte Argento. Nel frattempo, il volto di tutte le regioni è mutato più di quanto non sia accaduto negli ultimi mille anni. I Pokémon, per via della cattura massiva, delle lotte mortali, dell’inquinamento causato dalla Silph S.p.A. e per altre ragioni, sono oramai a rischio di estinzione. La criminalità organizzata aumenta considerevolmente e non ci vuole molto tempo che anche le posizioni politiche vengano colpite da questi cambiamenti, emanando una nuova legge: “i Pokémon sono illegali.” Etichettando così di fatto tutti i possessori di Pokémon dei veri e propri criminali soprattutto chi li nasconde nelle proprie mura. Gli UNICI a poter usare i Pokémon in modo LEGALE sono gli agenti di polizia che li sfruttano come vere e proprie armi da macello senza alcun disturbo. E i Pokémon selvatici? Genocidio? No, i politici hanno approvato la costruzione e mantenimento di “zone sicure” per i Pokémon rispettando i loro habitat naturali, dopo l'intervento attivo di idealisti. Queste zone sono distanti dalle zone abitate e sorvegliate con una semplice regola: “uno e/o più Pokémon escono? Permesso di ucciderli. Si trovano nuovi Pokémon al di fuori dalla zona protetta? Se oppone resistenza ucciderlo, in caso contrario buttarlo dentro la zona protetta”.